Nell'estate 1999 è stata creata la penitenzieria ad opera dell'architetto Rosario Scrimeri, che, con grande abilità, ha sfruttato al meglio un piccolo spazio posto sul lato destro della chiesa, un tempo utilizzato come deposito e punto di collegamento, tramite una botola, con il sottostante cimitero. Anche se di modeste dimensioni (14 mq. di superficie), la sua ubicazione vicino all'ingresso principale della chiesa ed il suo diretto collegamento con essa hanno suggerito un uso più consono alle esigenze di una comunità parrocchiale, in particolare per la realizzazione di un luogo funzionale ed organico per le confessioni.
Partendo dall'altezza disponibile di circa 7.00 mt., se ne è realizzata la divisione verticale in due ambienti quello al piano della chiesa adibito alle confessioni e, sopra di esso, con un'altezza da soppalco di mt. 2.30, da utilizzare per gli impianti (unità motocondensante e motoevaporante, serranda di regolazione) e raggiungibile da una piccola scala posta sulla sinistra dell'ingresso alla chiesa. Il pavimento del locale è stato completamente rifatto con lastre di marmo rosa del Portogallo racchiuse da listelli di ottone. La disposizione e le dimensioni dei quadroni sono tali da poter confermare la necessaria botola di collegamento con il cimitero sottostante. Il pesante "sportello" è azionato da un sistema a pistone idraulico comandato elettricamente e, anche se l'uso non è frequente, il nuovo sistema è particolarmente agevole e privo di quei pericoli che caratterizzavano quello preesistente.
